No quadro das competências atribuídas à Secretaria-Geral, tendo em vista assegurar as tarefas de planeamento, coordenação, acompanhamento e apoio técnico que, em matéria de assuntos europeus, cooperação e relações internacionais, se desenvolvem nos domínios de competência do Ministério da Educação e Ciência, cabe a este serviço contribuir para a formulação das políticas a implementar nestas áreas, bem como coordenar e desenvolver a participação do Ministério, nas suas relações com as diferentes instâncias comunitárias e internacionais. Uma parte considerável das atividades desenvolvidas no âmbito das instâncias comunitárias e das organizações internacionais, bem como de diversas modalidades de cooperação entre Portugal e outros países, concretizam-se através de programas, projetos e outros tipos de iniciativas. Enquanto serviço central do Ministério da Educação e Ciência, compete à Secretaria-Geral preparar e acompanhar a participação portuguesa nos programas, projetos e outras iniciativas em relação com as áreas que se encontram sob tutela daquele Ministério.
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