A Secretaria-Geral do Ministério da Educação e Ciência (SGMEC), foi criada pelo Decreto-Lei n.º 125/2011, de 29 de Dezembro, como um serviço central da administração direta do Estado dotado de autonomia administrativa, resultante da fusão entre as Secretarias-Gerais dos extintos Ministério da Educação e Ministério da Ciência, Tecnologia e Ensino Superior.  

O Decreto-Lei acima referido, que aprova a Lei Orgânica do MEC, especifica que a missão da SG é “assegurar o apoio técnico especializado aos membros do Governo do MEC e aos demais órgãos, serviços e organismos nele integrados, nos domínios do apoio jurídico, da resolução de conflitos e do contencioso, dos regimes de emprego e de relações de trabalho, da gestão dos recursos humanos, financeiros, tecnológicos e patrimoniais, da contratação pública, dos assuntos europeus e das relações internacionais, bem como da política de qualidade, da informação e da comunicação”.

No citado diploma legal são definidas também as atribuições da SG, bem como a estrutura diretiva de topo, constituída por um secretário-geral, que será coadjuvado por dois secretários-gerais adjuntos.